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- Cytoscape, open-source software for visualizing molecular interaction networks
- Graphviz, an open-source graph drawing system from AT&T Corporation[26]
- Mathematica, a general purpose computation tool that includes 2D and 3D graph visualization and graph analysis tools.[27][28]
- Microsoft Automatic Graph Layout, a .NET library (formerly called GLEE) for laying out graphs[29]
- Tom Sawyer Software[30] Tom Sawyer Perspectives is a graphics-based software for building enterprise-class data visualization and social network analysis applications. It is a Software Development Kit (SDK) with a graphics-based design and preview environment.
- Tulip (software)[31]
- yEd, a widely used graph editor with graph layout functionality
EgoNet | http://sourceforge.net/projects/egonet | ||||||||||||||||||||
Gephi | http://gephi.org/ | ||||||||||||||||||||
NodeXL | http://nodexl.codeplex.com/ | ||||||||||||||||||||
Pajek | http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/ | ||||||||||||||||||||
R sna package | http://cran.r-project.org/web/packages/sna/index.html | ||||||||||||||||||||
UCINET | http://www.analytictech.com/ucinet | ||||||||||||||||||||
VennMaker | http://www.vennmaker.com/ | ||||||||||||||||||||
Visone | http://www.visone.info/ |
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